Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 50,527 C→T E232E (GAG→GAA)  apaH ← diadenosine tetraphosphatase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb50,5270CT92.0% 202.8 / 4.3 88E232E (GAG→GAA) apaHdiadenosine tetraphosphatase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/7);  new base T (81/0);  total (81/7)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.58e-10
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GGTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCAAAG  >  W3110S.gb/50488‑50551
                                       |                        
ggTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:110711/62‑1 (MQ=255)
ggTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:749288/62‑1 (MQ=255)
ggTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:74463/62‑1 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:36682/61‑1 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:196508/61‑1 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:852044/61‑1 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTATATACCTTCCCGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    <  1:290945/61‑1 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTcc                       >  1:1310744/1‑42 (MQ=38)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAg           >  1:91141/1‑54 (MQ=39)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGCCCaaa   >  1:364974/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACGaaa   >  1:54104/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:544021/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:57869/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:541170/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:536881/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:533376/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:8713/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:487259/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:445284/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:434751/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:42097/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:902271/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:405477/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:691677/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:7799/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:759876/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:747720/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:743170/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:741780/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:734170/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:707530/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:693322/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:559369/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:65549/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:795076/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:816743/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:60520/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:589394/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:581553/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:324392/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:572386/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1222980/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:326192/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1318680/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1309202/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1294707/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1280175/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1272888/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1259230/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1246035/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1326568/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1175986/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1004165/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1152574/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1136250/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1129624/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1109327/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1104453/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1084007/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1362147/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:302869/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:291313/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:28454/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:2350/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:216065/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:956594/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:187609/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:181747/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:174848/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:151317/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1466530/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1444916/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:959312/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1363810/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaaa   >  1:1332067/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:824885/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:962599/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:624248/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:614867/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:526040/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:502614/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:406540/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:368086/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:194767/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCaa    >  1:1380822/1‑61 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGACCAGTGACCaaa   >  1:1169961/1‑62 (MQ=255)
 gTATCCAGCGCGTAAATACCTT‑CGGCGTACCTTTGCCTTCCAGCGATGCCCAGTGACCAAAg  >  1:627942/1‑62 (MQ=255)
 gTATACAGCGCGTAAATACCTTCCGGCGTACATTTGACTTCCAGCGAt                 >  1:848392/1‑48 (MQ=25)
                                       |                        
GGTATCCAGCGCGTATATACCTTCCGGCGTACCTTTGCCCTCCAGCGATGCCCAGTGACCAAAG  >  W3110S.gb/50488‑50551

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑