Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	2,664,760	T→C	L224L (TTG→CTG)	csiE →	stationary phase inducible protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	2,664,760	0	T	C	100.0%	225.4 / NA	79	L224L (TTG→CTG)	csiE	stationary phase inducible protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/79);  total (0/79)

GAGCCACTGTTTATGGCACTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCATTGCGGGATGC  >  W3110S.gb/2664709‑2664770                                                    |           gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:555833/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:63054/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:623251/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:588307/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:570885/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:563483/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:562302/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:559261/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:559252/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:557240/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:64804/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:554245/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:504741/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:476034/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:472642/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:386937/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:376903/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1010460/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:30197/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:793074/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:997031/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:98903/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:947910/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:942092/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:925074/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:913177/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:897452/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:867086/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:303568/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:771371/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:750069/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:722198/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:705077/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:693345/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:668515/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:66279/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:651980/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1244761/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1374927/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:280698/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1355389/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:135261/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1348672/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1336410/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1334770/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1304833/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1281020/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1373619/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1243430/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1226326/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1208459/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1177414/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1158654/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1155029/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1074673/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1060102/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:140070/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1404193/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1425844/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:278774/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1468415/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:183044/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:214259/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:214490/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:271801/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:242857/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:244225/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:271336/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCACGATCCACTGCGGGATgc  <  1:39795/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGGTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1092774/62‑1 (MQ=255) gaGCCACTGTTTAAGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:279654/62‑1 (MQ=255)  aGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:495220/61‑1 (MQ=255)  aGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:353555/61‑1 (MQ=255)  aGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1119869/61‑1 (MQ=255)  aGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:224450/61‑1 (MQ=255)  aGCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1443003/61‑1 (MQ=255)   gCCACTGTTTATGGCATTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:1177724/60‑1 (MQ=255)                    tactTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:615224/43‑1 (MQ=255)                           ttCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCACTGCGGGATgc  <  1:829295/36‑1 (MQ=255)                                                    |           GAGCCACTGTTTATGGCACTACTTTTTTCCATGTTGCGGGTTCCCGATCCATTGCGGGATGC  >  W3110S.gb/2664709‑2664770

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑