Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,811,003 T→C N307N (AAT→AAC)  emrA → multidrug efflux system

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,811,0030TC100.0% 341.7 / NA 120N307N (AAT→AAC) emrAmultidrug efflux system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/120);  total (0/120)

Only 100 of 120 total aligned reads displayed.

TAGCGCGTTCTCACTGCTTCCAGCGCAAAATGCGACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGC  >  W3110S.gb/2810973‑2811034
                              |                               
tAGCTCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1364677/62‑1 (MQ=37)
tAGCGCGTTCTCGCTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1144503/62‑1 (MQ=37)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCTGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:76346/62‑1 (MQ=37)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGTCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:799652/62‑1 (MQ=37)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCGAAGTCGTTCAGc  <  1:396881/62‑1 (MQ=255)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:508850/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:641668/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:613177/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:582017/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:562453/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:55139/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:537533/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:536096/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:533151/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:516786/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:514316/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:663832/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:507874/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:500679/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:489792/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:475151/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:473014/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:417628/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:415954/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:412124/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:100474/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:371486/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:829640/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:98315/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:980238/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:966875/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:955576/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:940247/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:914057/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:898210/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:89146/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:877237/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:834085/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:654392/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:826761/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:816651/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:788063/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:780218/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:754814/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:752289/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:732422/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:676780/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:667679/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:382712/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1153445/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1373242/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:352946/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1327193/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1304813/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:126780/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:125568/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1247168/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1239093/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1222099/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1199628/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1344658/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1150884/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:113510/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1126301/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1118696/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1111555/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1088215/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1068081/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1047868/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1038727/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1038372/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:232144/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:3515/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:337280/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:334089/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:318145/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:293943/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:28541/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:28373/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:240718/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1398860/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:222025/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:215587/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:178677/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1466910/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:213688/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1440692/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1434912/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1423400/62‑1 (MQ=38)
tAGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCAACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:617975/62‑1 (MQ=38)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:267224/61‑1 (MQ=37)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:483022/61‑1 (MQ=37)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:722402/61‑1 (MQ=37)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1270429/61‑1 (MQ=37)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1400065/61‑1 (MQ=37)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1053086/61‑1 (MQ=37)
 aGCGCGTTCTCACTGCTTCCGGCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTAGTTCAGc  <  1:1163016/61‑1 (MQ=37)
        tctcACTGCTTCCGTCGCAAAACGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:890560/54‑1 (MQ=25)
                         cAAAACGCCAGCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:1247740/37‑1 (MQ=18)
                          aaaaCGCCACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGc  <  1:461719/36‑1 (MQ=18)
                              |                               
TAGCGCGTTCTCACTGCTTCCAGCGCAAAATGCGACCGGTAACTGGATCAAAGTCGTTCAGC  >  W3110S.gb/2810973‑2811034

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑