Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 2,911,645 C→G R221R (CGG→CGC)  relA ← (p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb2,911,6450CG99.3% 413.4 / NA 145R221R (CGG→CGC) relA(p)ppGpp synthetase I/GTP pyrophosphokinase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base G (0/144);  minor base T (0/1);  total (0/145)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 145 total aligned reads displayed.

CAGATGACCAACGAACTCTTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTT  >  W3110S.gb/2911600‑2911661
                                             |                
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGcagcagat  <  1:84571/62‑3 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:454112/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:600372/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:575081/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:573465/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:563026/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:557133/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:537743/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:52757/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:51563/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:482066/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:473004/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:604987/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:425062/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:383503/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:380372/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:364768/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:339499/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:31598/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:303317/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:296541/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:278925/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:812583/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:958564/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:940760/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:93814/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:932362/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:916376/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:903369/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:899151/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:887974/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:826712/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1022570/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:81192/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:803571/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:743704/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:705804/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:703583/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:696004/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:661266/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:623707/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:607682/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1182062/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1282099/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1273500/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1306657/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1267261/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1242535/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1226873/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1212260/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1192999/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1392803/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1402934/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1189160/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1420334/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1434154/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1185034/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1448012/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1148101/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:146663/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1112230/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:193794/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:200352/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:226917/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:230518/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:246680/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1102094/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:25936/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1093702/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1033825/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCCAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:965107/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGGCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:736936/62‑1 (MQ=255)
cAGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGGCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:462655/62‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACTAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:449179/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGTGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1213405/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCTGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:668800/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:627578/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:275453/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1015051/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:296010/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:304482/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:417211/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:457452/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:857220/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1416354/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:831872/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:138010/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1202555/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:809033/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:763535/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1220403/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:713818/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1221856/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:134924/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1343917/61‑1 (MQ=255)
 aGATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:596276/61‑1 (MQ=255)
  gATGGCCGACAAACTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:1291127/60‑1 (MQ=255)
           caaaCTCTTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:270093/49‑1 (MQ=255)
                 ctTCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:728767/45‑1 (MQ=38)
                  ttCGATATAGTGTTCGCGGTCGAGACGGCGTTCATGCAGCAGtt  <  1:137350/44‑1 (MQ=38)
                                             |                
CAGATGACCAACGAACTCTTCGATGTAGTGTTCGCGGTCGAGACGCCGTTCATGCAGCAGTT  >  W3110S.gb/2911600‑2911661

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑