| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | W3110S.gb | 2,918,782 | G→A | G207G (GGC→GGT) | gudX ← | predicted glucarate dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,918,782 | 0 | G | A | 98.9% | 232.0 / ‑5.5 | 92 | G207G (GGC→GGT) | gudX | predicted glucarate dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (91/0); total (92/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.61e-01 | |||||||||||
TGCACGAACAGTGTCGATTTCTTGCTCGCCAGGTAACACGCCGCCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCGTAGCGA > W3110S.gb/2918740‑2918815 | tGCACGAACAGTGTCGATTTCTTGCTCGCCAGGTAACACGCCGCCCTTAAGTTTGAAATCt > 1:1356050/1‑61 (MQ=255) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAgaga > 1:151914/1‑39 (MQ=18) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCg > 1:389006/1‑38 (MQ=21) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCg > 1:761411/1‑38 (MQ=21) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCg > 1:659291/1‑38 (MQ=21) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCg > 1:151170/1‑38 (MQ=21) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCg > 1:1308699/1‑38 (MQ=21) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCg > 1:865993/1‑38 (MQ=21) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:686869/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:723566/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:685889/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:684712/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:654888/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:646606/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:613475/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:602462/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:551676/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:514142/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:506950/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:50344/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:474893/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:460484/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:453204/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:446032/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:445565/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:429143/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:389370/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:877961/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:982585/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:962152/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:959079/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:958466/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:937208/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:929022/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:896321/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:894787/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:882503/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:878673/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:702193/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:829791/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:827944/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:822992/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:811571/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:804951/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:803760/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:781896/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:780608/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:376861/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:713237/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1152658/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1380045/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1354110/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1328948/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1324028/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:128510/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1282079/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1228999/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1202052/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1192573/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1188825/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1390946/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1132794/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:110726/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1080630/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1074064/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1067845/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1056549/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1053682/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1037320/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1029745/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:224113/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1028014/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:355648/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:347006/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:329191/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:317885/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:268144/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:267384/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:245236/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:241390/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:387124/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:216089/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:198235/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:164537/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:156362/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1459353/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1444850/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1433734/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1424144/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1411817/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1409174/1‑39 (MQ=25) acGCCACCCTTAAGTCTGAAATCTTTAAAGCCATAGCGa > 1:1095633/1‑39 (MQ=37) | TGCACGAACAGTGTCGATTTCTTGCTCGCCAGGTAACACGCCGCCCTTAAGTTTGAAATCTTTAAAGCCGTAGCGA > W3110S.gb/2918740‑2918815 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |