Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,013,683 C→A V11F (GTC→TTC)  yqeC ← conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,013,6830CA98.9% 255.1 / ‑6.0 92V11F (GTC→TTC) yqeCconserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base A (91/0);  minor base T (1/0);  total (92/0)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

AAATCACAGTGGGACGTTTCTGCGCACCTAAATCAATGACTAATGCCGATGGGTCAACTATA  >  W3110S.gb/3013644‑3013705
                                       |                      
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGATTAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1380938/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATaa                     >  1:1426617/1‑43 (MQ=38)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGcc                 >  1:1249818/1‑47 (MQ=38)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCg                >  1:164432/1‑48 (MQ=38)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATg             >  1:355331/1‑51 (MQ=39)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCaat      >  1:1389462/1‑57 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:670159/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:715609/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:642418/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:640289/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:618211/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:605050/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:592030/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:577904/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:530859/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:50483/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:498597/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:49530/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:490152/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:467736/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:449804/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:428197/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:387094/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:362137/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:361511/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:833749/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:993979/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:993060/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:982443/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:966545/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:96208/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:957212/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:953291/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:894045/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:889101/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:878140/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:868301/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:696808/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:832560/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:82301/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:817160/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:810278/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:805602/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:789895/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:766474/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:764203/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:727828/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:717929/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:329731/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1129396/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1300958/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1277684/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1255769/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:124235/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1228499/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1217419/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1188062/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1184575/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1159748/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1151038/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1303712/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1128095/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1118286/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1117678/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1103217/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1079704/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1059769/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1055887/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:105431/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1039801/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1031138/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1310918/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:278977/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:276154/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:267744/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:259560/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:187592/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:178272/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:16235/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:154136/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1437927/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1437146/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1423769/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1416550/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1416110/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:139849/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1351845/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1316083/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:333586/1‑62 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtat   >  1:1391247/1‑61 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtat   >  1:699231/1‑61 (MQ=255)
aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATta    >  1:1025272/1‑60 (MQ=255)
                                       |                      
AAATCACAGTGGGACGTTTCTGCGCACCTAAATCAATGACTAATGCCGATGGGTCAACTATA  >  W3110S.gb/3013644‑3013705

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑