Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,013,701	C→T	V5I (GTT→ATT)	yqeC ←	conserved hypothetical protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,013,701	0	C	T	100.0%	239.9 / NA	87	V5I (GTT→ATT)	yqeC	conserved hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (87/0);  total (87/0)

AAATCACAGTGGGACGTTTCTGCGCACCTAAATCAATGACTAATGCCGATGGGTCAACTATA  >  W3110S.gb/3013644‑3013705                                                          |     aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGATTAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1380938/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:530859/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:715609/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:696808/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:670159/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:642418/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:640289/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:618211/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:605050/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:592030/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:577904/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:717929/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:50483/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:498597/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:49530/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:490152/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:467736/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:449804/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:428197/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:387094/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:362137/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:361511/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:868301/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:993979/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:993060/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:982443/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:966545/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:96208/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:957212/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:953291/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:894045/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:889101/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:878140/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:333586/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:833749/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:832560/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:82301/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:817160/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:810278/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:805602/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:789895/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:766474/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:764203/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:727828/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1129396/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1300958/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1277684/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1255769/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:124235/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1228499/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1217419/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1188062/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1184575/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1159748/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1151038/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1303712/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1128095/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1118286/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1117678/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1103217/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1079704/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1059769/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1055887/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:105431/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1039801/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1031138/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1437146/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:329731/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:278977/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:276154/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:267744/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:259560/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:187592/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:178272/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:16235/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:154136/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1437927/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1423769/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1416550/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1416110/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:139849/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1351845/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1316083/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtata  >  1:1310918/1‑62 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtat   >  1:1391247/1‑61 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATtat   >  1:699231/1‑61 (MQ=255) aaaTCACAGTGGGACGTTTCTGCGCGCCTAAATCAATGAATAATGCCGATGGGTCAATta    >  1:1025272/1‑60 (MQ=255)                                                          |     AAATCACAGTGGGACGTTTCTGCGCACCTAAATCAATGACTAATGCCGATGGGTCAACTATA  >  W3110S.gb/3013644‑3013705

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑