Predicted mutation
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RA	W3110S.gb	331,546	G→C	intergenic (+826/‑49)	betT → / → yahA	choline transporter of high affinity/predicted DNA‑binding transcriptional regulator

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	331,546	0	G	C	100.0%	139.3 / NA	50	intergenic (+826/‑49)	betT/yahA	choline transporter of high affinity/predicted DNA‑binding transcriptional regulator
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base C (0/50);  total (0/50)

TGGTTACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCGACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATAA  >  W3110S.gb/331517‑331577                              |                                tGGTTACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:339136/61‑1 (MQ=255) tGGTTACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:195262/61‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCATGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1375750/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACTGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:917/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:59011/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:451678/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:452397/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:454533/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:480470/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:484101/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:48772/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:492439/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:52506/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:575939/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:580635/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:446630/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:593853/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:61007/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:619414/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:685405/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:721017/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:778954/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:82741/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:891561/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:950549/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:96965/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1402415/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1080224/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1090/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1115749/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1138626/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1177077/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1252685/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1257329/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1377993/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1381636/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1392678/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:448241/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1426041/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:143463/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:146875/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:187329/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:211490/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:253780/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:277149/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:30986/57‑1 (MQ=255)     tACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:371258/57‑1 (MQ=255)      tccccTTATGTGTGCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:66862/55‑1 (MQ=255)              tgtgtgCTCAGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:1050297/48‑1 (MQ=255)                    ctctGGAATCCACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATaa  <  1:375145/42‑1 (MQ=38)                              |                                TGGTTACCCCTTATGTGTGCTCAGGAATCGACAGGTAATCACTCATACTGAACAGCGATAA  >  W3110S.gb/331517‑331577

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑