Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,278,629	C→T	intergenic (‑109/‑140)	agaR ← / → kbaZ	DNA‑binding transcriptional dual regulator/tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaZ subunit

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,278,629	0	C	T	100.0%	136.4 / NA	50	intergenic (‑109/‑140)	agaR/kbaZ	DNA‑binding transcriptional dual regulator/tagatose 6‑phosphate aldolase 1, kbaZ subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/50);  total (0/50)

ACTCTCGTTTCAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAATCAG  >  W3110S.gb/3278619‑3278662           |                                  aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGCatcag  <  1:1415653/44‑1 (MQ=38) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:78743/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:461203/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:511197/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:546496/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:581439/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:586570/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:608735/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:641749/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:654514/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:706714/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:733135/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:741909/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:360030/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:835653/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:87298/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:89620/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:898195/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:89980/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:910611/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:913429/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:930967/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:946215/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:958883/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:972898/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1349175/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1026327/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1077454/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1093797/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:112783/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1136846/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1162607/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1236521/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1251303/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1269055/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1278451/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1282013/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1303072/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:100944/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1365592/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1385273/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1387826/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1405846/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:1437857/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:162342/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:273319/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:284642/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:30116/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAatcag  <  1:336367/44‑1 (MQ=255) aCTCTCGTTTTAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTT‑TGAatcag  <  1:48885/43‑1 (MQ=37)           |                                  ACTCTCGTTTCAGTGACTTTCATTATGTTTCTTTTGTGAATCAG  >  W3110S.gb/3278619‑3278662

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑