Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,401,439	C→T	Q583Q (CAG→CAA)	yhdA ←	conserved inner membrane protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,401,439	0	C	T	100.0%	59.4 / NA	23	Q583Q (CAG→CAA)	yhdA	conserved inner membrane protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (0/23);  total (0/23)

AACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCG  >  W3110S.gb/3401388‑3401449                                                    |           aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:330951/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:97780/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:793974/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:712170/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:706149/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:592110/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:534778/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:472574/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:416570/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:34736/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1077941/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:248226/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1459036/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1393215/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1390282/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1330725/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1292401/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1254685/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1165084/62‑1 (MQ=255) aaCCTGGGTGCTGGGCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:1081981/62‑1 (MQ=255)  aCCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:14912/61‑1 (MQ=255)      gggTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:545850/57‑1 (MQ=255)      gggTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGTTGGTTCTCCg  <  1:819710/57‑1 (MQ=255)                                                    |           AACCTGGGTGCTGGTCCCGGAGCAGGCTTCCACCAGGCTTTGAACCAGCAGCTGGTTCTCCG  >  W3110S.gb/3401388‑3401449

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑