Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,440,188 T→G Y106D (TAC→GAC)  rsd → stationary phase protein, binds sigma 70 RNA polymerase subunit

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,440,1880TG100.0% 340.8 / NA 119Y106D (TAC→GAC) rsdstationary phase protein, binds sigma 70 RNA polymerase subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (0/119);  total (0/119)

Only 100 of 119 total aligned reads displayed.

CCGCGAAGATTTGGCCGCAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATTACTACGATTCCA  >  W3110S.gb/3440138‑3440200
                                                  |            
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  gcgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:278167/61‑1 (MQ=255)
   cgAAGATTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:287133/60‑1 (MQ=255)
        aTTTGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:237604/55‑1 (MQ=255)
         tttGGCCACAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATGACTACGATTCCa  <  1:1393359/54‑1 (MQ=255)
                                                  |            
CCGCGAAGATTTGGCCGCAACTCGAAGCCAATACTCAACAGATTATGGATTACTACGATTCCA  >  W3110S.gb/3440138‑3440200

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑