Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,495,872	C→G	A471A (GCC→GCG)	ptsA →	fused predicted PTS enzymes Hpr component, enzyme I component, and enzyme IIA component

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,495,872	0	C	G	100.0%	105.8 / NA	41	A471A (GCC→GCG)	ptsA	fused predicted PTS enzymes Hpr component, enzyme I component, and enzyme IIA component
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (41/0);  total (41/0)

GCAAACCCGTTCCTCGGTTATCGCGCCGTGCGTATTTATGAAGAGTACGCGTCGTTGTTTAC  >  W3110S.gb/3495846‑3495907                           |                                    gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGATTACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:245817/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTa   >  1:275364/4‑61 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTa   >  1:233204/4‑61 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:460184/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:27851/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:286893/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:309513/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:348847/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:406793/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:445308/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:454829/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:983213/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:462534/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:545529/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:758426/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:796123/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:886284/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:891489/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:896767/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:920343/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:952585/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1041402/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1416852/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1131247/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1140129/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1141427/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1147042/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1149761/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1275455/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:133672/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1366207/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1369829/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:251524/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1417547/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1437064/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:1452365/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:166347/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:197735/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:237406/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTTAc  >  1:24021/4‑62 (MQ=25) gctaaCCCGTTCCTCGGTTATCGCGCGGTGCGTATTTATGAAGAATACGCGTCGTTGTTAAc  >  1:188210/4‑62 (MQ=21)                           |                                    GCAAACCCGTTCCTCGGTTATCGCGCCGTGCGTATTTATGAAGAGTACGCGTCGTTGTTTAC  >  W3110S.gb/3495846‑3495907

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑