Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,579,198	A→G	P184P (CCA→CCG)	glnA →	glutamine synthetase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,579,198	0	A	G	82.8%	185.3 / 23.6	99	P184P (CCA→CCG)	glnA	glutamine synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/17);  new base G (82/0);  total (82/17)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.81e-19
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01

AGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGATGGAAC  >  W3110S.gb/3579156‑3579250                                           |                                                     aGGTCACCGTCGGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCGCCGGTAGActcagctcag                                    >  1:1434451/1‑61 (MQ=255) aGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTccgccg                                                   >  1:1234577/1‑46 (MQ=255) aGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCGCCGGTAg                                               >  1:1424674/1‑50 (MQ=255) aGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCGCCGGTAGActcagctcag                                    >  1:60547/1‑61 (MQ=255) aGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCGCCGGTAGActcagctcag                                    >  1:631533/1‑61 (MQ=255) aGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCGCCGGTAGActcagctcag                                    >  1:604390/1‑61 (MQ=255) 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                                   cGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGATGGAAc  <  1:44338/60‑1 (MQ=255)                                    cGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGATGGAAc  <  1:895160/60‑1 (MQ=255)                                    cGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGATGGAAc  <  1:805586/60‑1 (MQ=255)                                     ggTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGATGGAAc  <  1:709756/59‑1 (MQ=255)                                         ccAGCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:814450/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:1185445/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:1198198/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:1126308/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:1266122/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:320148/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:1024357/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:224206/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:294046/49‑1 (MQ=255)                                         ccACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGa        <  1:547016/49‑1 (MQ=255)                                           |                                                     AGGTCACCGTCCGGCAGTGAAAGGCGGTTACTTCCCGGTTCCACCGGTAGACTCGGCTCAGGATATTCGTTCTGAAATGTGTCTGGTGATGGAAC  >  W3110S.gb/3579156‑3579250

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑