Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,895,077	C→G	M179I (ATG→ATC)	yiaN ←	predicted transporter

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,895,077	0	C	G	100.0%	204.3 / NA	77	M179I (ATG→ATC)	yiaN	predicted transporter
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base G (77/0);  total (77/0)

CCAGGTAAGCATCAGCGTTGCGCCCATCATCATGCCAGGGGCAATGCCCGCCATAAACAGCT  >  W3110S.gb/3895047‑3895108                               |                                ccaGGTAACCATCAGCGTGCCGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:1420540/1‑60 (MQ=255) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTgg                         >  1:1003488/1‑39 (MQ=12) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:479803/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:633837/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:576780/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:543103/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:526428/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:511273/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:487539/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:483814/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:665567/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:462458/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:448688/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:410383/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:396005/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:356671/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:315947/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:269147/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:877611/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:98081/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:972301/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:971678/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:933248/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:930104/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:919728/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:916903/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:893335/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:285948/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:875254/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:837754/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:814985/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:789138/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:769404/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:769374/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:763250/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:736234/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1102480/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1232779/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:262602/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1192956/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1186509/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1177354/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:117352/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:113094/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:112954/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1122097/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1207619/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1088417/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1063623/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1054632/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1054313/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1049869/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1047822/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1036303/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:102904/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:143974/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:260185/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:184868/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:184730/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:180244/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:163507/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1465006/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1460964/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1427416/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1424920/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1407228/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1393075/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1390845/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:137471/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgtt  >  1:1330829/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:782822/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:407513/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:535524/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:1047935/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:945018/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGCCCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:761833/1‑60 (MQ=25) ccaGGTAACCATCAGCGTGACGACCATCATGATGCCTGGCGCAATGCCCGCCATAAACAgt   >  1:584860/1‑60 (MQ=255)                               |                                CCAGGTAAGCATCAGCGTTGCGCCCATCATCATGCCAGGGGCAATGCCCGCCATAAACAGCT  >  W3110S.gb/3895047‑3895108

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑