Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	3,983,853	G→A	A59A (GCG→GCA)	hdeA →	stress response protein acid‑resistance protein

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	3,983,853	0	G	A	100.0%	138.5 / NA	51	A59A (GCG→GCA)	hdeA	stress response protein acid‑resistance protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/51);  total (0/51)

GGTTTTGCTGAAGCGCTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGT  >  W3110S.gb/3983839‑3983894               |                                          ggTTTTGCTGGAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1087528/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGACGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:52245/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACATAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:993757/56‑1 (MQ=38) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:491088/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:484977/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:493891/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:515927/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:540859/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:549499/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:554061/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:557247/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:565960/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:592028/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:652439/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:679137/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:695785/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:708275/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:714073/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:74751/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:801549/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:809877/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:817286/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:868174/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:879782/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:888876/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:920372/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:197070/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:10335/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1063496/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1270744/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1329423/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1380036/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1386609/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1396348/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1421768/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1437320/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:15466/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1020131/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:22787/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:236723/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:270694/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:272728/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:277756/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:324112/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:364256/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:364573/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:384397/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:391319/56‑1 (MQ=255) ggTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:483204/56‑1 (MQ=255)  gTTTTGCTGAAGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:750052/55‑1 (MQ=255)           aaGCACTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGt  <  1:1109726/46‑1 (MQ=255)               |                                          GGTTTTGCTGAAGCGCTGAACAACAAAGATAAACCAGAAGATGCGGTTTTAGATGT  >  W3110S.gb/3983839‑3983894

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑