Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 3,990,067 C→T P38P (CCG→CCA)  arsC ← arsenate reductase

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb3,990,0670CT99.0% 277.3 / ‑3.3 102coding (114/426 nt)arsCarsenate reductase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  major base T (0/101);  minor base . (0/1);  total (0/102)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

Only 100 of 102 total aligned reads displayed.

TTGACCAGTTCATCGCGCGTTGGCGGAGTTTCCAGATAATGGATAATAGTCGGTTCTGTGCCGCT  >  W3110S.gb/3990044‑3990108
                       |                                         
tttaCCAGCTCATCGCGCGTCGG‑TGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCg    <  1:1090817/59‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATTGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1208509/61‑1 (MQ=21)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTTGGTTCTGTACCGCt  <  1:660487/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTTGGTTCTGTACCGCt  <  1:658840/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:569951/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:679689/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:657692/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:650755/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:64116/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:637509/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:616714/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:615193/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:589272/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:585975/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:6867/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:535284/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:529367/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:521585/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:499842/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:487939/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:478660/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:406687/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:374587/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:361252/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:357287/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:346677/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:860486/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:984200/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:981784/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:958586/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:954416/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:950073/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:940500/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:925503/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:899982/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:890895/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:882020/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:870470/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:681925/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:820430/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:804139/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:801382/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:766314/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:755551/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:751712/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:741365/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:727246/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:708157/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:334455/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1137346/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:314589/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1351340/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1350277/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1336755/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1294411/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1204107/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1200693/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1198010/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1193160/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1164685/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1149737/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1147121/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1354409/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1128964/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1126724/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1100957/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:108800/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1070849/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1060042/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1039070/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:103815/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1034894/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1019330/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1012685/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1362453/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:285299/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:260539/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:260223/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:259953/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:251128/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:237298/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:218443/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:305262/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:214492/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:197463/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:184036/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1362287/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1471282/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:142736/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1423472/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1397606/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1394886/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1392206/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1367863/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTATGTACCGCt  <  1:451743/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGTCGGTGCTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:299112/61‑1 (MQ=255)
    ccAGCTCATCGCGCGGCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:902899/61‑1 (MQ=255)
     cAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1006146/60‑1 (MQ=255)
     cAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:527542/60‑1 (MQ=255)
     cAGCTCATCGCGCGTCGGTGGTGTTTCCAGATAATAGATAATGGTCGGTTCTGTACCGCt  <  1:1188582/60‑1 (MQ=255)
                       |                                         
TTGACCAGTTCATCGCGCGTTGGCGGAGTTTCCAGATAATGGATAATAGTCGGTTCTGTGCCGCT  >  W3110S.gb/3990044‑3990108

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑