Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,061,975	G→A	Q95Q (CAG→CAA)	gntR →	DNA‑binding transcriptional repressor

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,061,975	0	G	A	100.0%	132.9 / NA	49	Q95Q (CAG→CAA)	gntR	DNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/49);  total (0/49)

GCGCACGGTTATCAGACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAACC  >  W3110S.gb/4061961‑4062004               |                              gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:630079/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:404573/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:428778/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:429587/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:440658/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:456163/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:47656/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:482255/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:490958/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:506780/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:51488/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:571558/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:32632/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:674141/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:784582/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:802376/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:825905/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:833491/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:840994/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:841102/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:871193/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:890289/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:890785/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:981149/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1399295/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1008180/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1020196/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1036188/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1047535/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:112243/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:113457/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1139808/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:122637/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1241688/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1367421/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1396469/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1005665/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1401447/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1430992/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:1454743/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:153186/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:163064/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:203588/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:227779/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:229811/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:243577/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:25804/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGTTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:319789/44‑1 (MQ=255) gcgcACGGCTATCAAACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAAcc  <  1:711941/44‑1 (MQ=255)               |                              GCGCACGGTTATCAGACCATGCTGGCGCACTACGGTTATAAACC  >  W3110S.gb/4061961‑4062004

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑