Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 4,080,831 T→G I440I (ATA→ATC)  rtcR ← sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb4,080,8310TG100.0% 157.4 / NA 56I440I (ATA→ATC) rtcRsigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base G (56/0);  total (56/0)

TCCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTTATCTCATCTTCAACCACGTCCAGAGTGATGCGTCC  >  W3110S.gb/4080805‑4080866
                          |                                   
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTc                          >  1:822532/1‑38 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCCCCGTATCCAGTGTGATgtcc    >  1:737351/1‑57 (MQ=255)
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tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:3534/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:106286/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:412612/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:418587/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:426750/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:485138/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:486709/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:491223/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:536796/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:539255/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:557642/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:579255/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:602074/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:371273/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:642551/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:649835/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:697083/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:734914/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:83905/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:856981/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:872008/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:899247/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:899292/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:325834/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:1136817/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:1133973/1‑62 (MQ=255)
tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:1165795/1‑62 (MQ=255)
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tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:125434/1‑62 (MQ=255)
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tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:1079217/1‑62 (MQ=255)
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tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGGTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:654809/1‑62 (MQ=25)
                          |                                   
TCCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTTATCTCATCTTCAACCACGTCCAGAGTGATGCGTCC  >  W3110S.gb/4080805‑4080866

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑