Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,269,487	T→C	Y38Y (TAT→TAC)	alr →	alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,269,487	0	T	C	100.0%	143.9 / NA	55	Y38Y (TAT→TAC)	alr	alanine racemase 1, PLP‑binding, biosynthetic
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/55);  total (0/55)

CCAGTAAAATGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCTTATGGTCAC  >  W3110S.gb/4269450‑4269493                                      |       ccAGTAAACTGGTTGTGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1312349/44‑1 (MQ=21) ccAGTAAACTGGTTGCTGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:180649/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTGAc  <  1:1319788/44‑1 (MQ=21) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:659446/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:470914/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:482498/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:48729/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:50414/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:511814/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:529996/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:539253/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:59202/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:629487/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:636812/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:641434/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:654863/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:656984/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:403657/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:732951/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:735528/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:779813/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:802460/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:822828/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:85893/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:888591/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:891557/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:892573/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:896826/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:915449/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1457052/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1078266/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1105297/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1162594/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1231788/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1254532/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:128066/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1303142/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1345776/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1407935/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1430121/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1433362/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1441503/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:438663/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1469844/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:168058/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:171972/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:215239/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:246408/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:269718/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:354313/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:389316/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:390462/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:1058339/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGTCAc  <  1:411296/44‑1 (MQ=25) ccAGTAAACTGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCCTACGGGCAc  <  1:249447/44‑1 (MQ=18)                                      |       CCAGTAAAATGGTTGCGGTGGTGAAAGCGAACGCTTATGGTCAC  >  W3110S.gb/4269450‑4269493

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑