Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,282,229	A→G	A53A (GCA→GCG)	yjcD →	predicted permease

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,282,229	0	A	G	77.5%	72.6 / 14.6	49	A53A (GCA→GCG)	yjcD	predicted permease
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (11/0);  new base G (0/38);  total (11/38)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.43e-11
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00

GTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTT  >  W3110S.gb/4282203‑4282271                           |                                           gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:509981/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:789407/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:252904/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:317190/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:406725/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:1071248/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:436594/62‑1 (MQ=255) gtcgtTCCAGGCATGTTGGGTAAAGCGGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTg         <  1:457522/62‑1 (MQ=255) 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       cAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCATTGCAACCTGTCTGGtt  >  1:76357/1‑62 (MQ=255)                           |                                           GTCGTTCCAGGTATGTTGGGTAAAGCAGGCTTCCCGCCTGCGGCAGTTTTCGTTGCAACCTGTCTGGTT  >  W3110S.gb/4282203‑4282271

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑