Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,469,279	T→C	H38R (CAC→CGC)	treC ←	trehalose‑6‑P hydrolase

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,469,279	0	T	C	100.0%	137.3 / NA	49	H38R (CAC→CGC)	treC	trehalose‑6‑P hydrolase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/49);  total (0/49)

TAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCC  >  W3110S.gb/4469236‑4469292                                            |              tggCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:230477/55‑1 (MQ=255) tAGCCCGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1331500/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:733073/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:35184/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:361754/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:377631/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:43929/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:440595/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:48719/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:522635/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:540488/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:566356/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:655809/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:711236/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:343925/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:769864/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:776644/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:77843/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:831906/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:863614/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:912504/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:932409/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:943612/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:982798/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:995824/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1457172/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1056428/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1171263/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1234816/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:125341/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1272716/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1290390/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1291766/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1311979/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1360177/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:100092/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:170301/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:189333/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:194586/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:22805/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:235662/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:257216/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:259674/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:29114/57‑1 (MQ=255) tAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:319094/57‑1 (MQ=255)  aGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:25459/56‑1 (MQ=255)        aTGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:95476/50‑1 (MQ=255)               cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:482923/43‑1 (MQ=255)               cAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGCGTTGGATAACGcc  <  1:1254441/43‑1 (MQ=255)                                            |              TAGCCAGATGGCATCAACGCCCAGTTTATGCAGATAGTCCAGGTGTTGGATAACGCC  >  W3110S.gb/4469236‑4469292

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑