Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,487,680	C→T	P280P (CCG→CCA)	valS ←	valyl‑tRNA synthetase

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,487,680	0	C	T	79.6%	75.8 / 13.1	49	P280P (CCG→CCA)	valS	valyl‑tRNA synthetase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (8/2);  new base T (0/39);  total (8/41)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.98e-08
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01

GTCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGCCAA  >  W3110S.gb/4487671‑4487735          |                                                        gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:701958/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:244419/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:265567/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:295612/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:371574/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:480869/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:573809/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:58044/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:616628/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:637366/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:663224/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:10461/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:760763/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:787611/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:78805/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:793642/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:826421/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:8735/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:902432/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:926276/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:952942/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:988706/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1336947/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1192860/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1203789/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1097369/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:122766/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1074713/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:124074/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1247656/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1250842/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1297328/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:141417/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1416726/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:1052097/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:174319/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:227440/61‑1 (MQ=255) gTCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:230999/61‑1 (MQ=255)  tCGTGCGCTGGGGTGATCTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTtcgtcg      <  1:337939/60‑1 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:232084/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:965212/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:1036909/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:8360/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:805973/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:788091/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:1418869/1‑62 (MQ=255)  tCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGcc    >  1:1431084/1‑62 (MQ=255)     tGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGCCaa  <  1:232376/61‑1 (MQ=255)       cgcCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGATCGTCGCCaa  <  1:992819/59‑1 (MQ=255)          |                                                        GTCGTGCGCCGGAGTGATTTTCACGCAGCCGGTGCCTTTTTCCATGTCGGCGTGTTCGTCGCCAA  >  W3110S.gb/4487671‑4487735

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑