Predicted mutation
evidence seq id position mutation annotation gene description
RA W3110S.gb 484,109 T→C S245S (TCA→TCG)  acrA ← multidrug efflux system

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*W3110S.gb484,1090TC100.0% 401.8 / NA 139S245S (TCA→TCG) acrAmultidrug efflux system
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base T (0/0);  new base C (0/139);  total (0/139)

Only 100 of 139 total aligned reads displayed.

AATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGTGACACTTTGGC  >  W3110S.gb/484059‑484120
                                                  |           
caTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1346608/61‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:66541/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:661392/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:638020/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:612339/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:610178/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:597788/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:596831/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:579419/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:543814/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:540024/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:524661/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:510309/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:452075/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:830311/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:801051/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:783770/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:410925/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1042488/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1025740/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1019761/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:183410/62‑1 (MQ=255)
aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:344100/62‑1 (MQ=255)
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aaTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGGCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1324328/62‑1 (MQ=255)
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 aTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:337729/61‑1 (MQ=255)
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 aTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1279108/61‑1 (MQ=255)
 aTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:648291/61‑1 (MQ=255)
 aTTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:667956/61‑1 (MQ=255)
  ttCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:389162/60‑1 (MQ=255)
             cGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:522495/49‑1 (MQ=255)
                 cTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGCGACACTTTGGc  <  1:1014445/45‑1 (MQ=255)
                                                  |           
AATTCCAGCGTACCGTCCTGCGGGAACTTAATGCCGTCACTGGTGATCAGTGACACTTTGGC  >  W3110S.gb/484059‑484120

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑