Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	365,589	2 bp→CA	intergenic (‑60/+62)	lacZ ← / ← lacI	beta‑D‑galactosidase/DNA‑binding transcriptional repressor

Read alignment evidence...
	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	365,589	0	A	C	100.0%	155.2 / NA	55	intergenic (‑60/+63)	lacZ/lacI	beta‑D‑galactosidase/DNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base C (0/55);  total (0/55)
*	W3110S.gb	365,590	0	G	A	100.0%	149.3 / NA	55	intergenic (‑61/+62)	lacZ/lacI	beta‑D‑galactosidase/DNA‑binding transcriptional repressor
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (0/55);  total (0/55)

ACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAA  >  W3110S.gb/365570‑365630                    ||                                         acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGTGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:84102/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:629517/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:256581/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:318940/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:38206/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:438459/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:439217/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:441505/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:447883/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:451939/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:458801/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:478918/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:505249/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:570637/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1079916/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:634449/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:647705/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:715151/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:784176/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:805468/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:846362/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:851874/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:857405/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:87082/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:875541/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:936556/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1351942/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:106801/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1140167/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1143083/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1155258/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1201657/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1228221/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1248491/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1270556/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1281822/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:232381/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1372413/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1377334/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1382102/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1382388/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1465852/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1373532/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1421631/61‑3 (MQ=255) acacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1433138/61‑3 (MQ=255)  cacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:809151/60‑3 (MQ=255)  cacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:222465/60‑3 (MQ=255)  cacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:211017/60‑3 (MQ=255)  cacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:114659/60‑3 (MQ=255)  cacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:847642/60‑3 (MQ=255)  cacaACATACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1412860/60‑3 (MQ=255)       caTACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1410333/55‑3 (MQ=255)       caTACGAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGGGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:314107/55‑3 (MQ=255)            gAGCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:1295842/50‑3 (MQ=255)              gCCGGACACATAGAGTGTAAAGACTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCtga  <  1:732969/48‑3 (MQ=255)                    ||                                         ACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAA  >  W3110S.gb/365570‑365630

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑