Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,080,847	3 bp→GTA	coding (1302‑1304/1599 nt)	rtcR ←	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,080,847	0	A	G	100.0%	153.7 / NA	55	V435T (GTG→ACG)	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (0/0);  new base G (55/0);  total (55/0)
*	W3110S.gb	4,080,848	0	C	T	100.0%	148.8 / NA	55	V435T (GTG→ACG)	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (0/0);  new base T (55/0);  total (55/0)
*	W3110S.gb	4,080,849	0	G	A	100.0%	151.3 / NA	55	D434D (GAC→GAT)	rtcR	sigma 54‑dependent transcriptional regulator of rtcBA expression
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (0/0);  new base A (55/0);  total (55/0)

TCCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTTATCTCATCTTCAACCACGTCCAGAGTGATGCGTCC  >  W3110S.gb/4080805‑4080866                                           |||                  tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCCCCGTATCCAGTGTGATgtcc    >  1:737351/1‑57 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGt    >  1:754331/1‑60 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:602074/1‑62 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:106286/1‑62 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:371273/1‑62 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:412612/1‑62 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:418587/1‑62 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:426750/1‑62 (MQ=255) tcCTGCCAGTTATAGCGCAGACGGTTGATCTCATCTTCCACCGTATCCAGTGTGATGCGTcc  >  1:485138/1‑62 (MQ=255) 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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑