Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1248029	1248041	13	2 [0]	[0] 9	treA	periplasmic trehalase

GCGCAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCAA  >  W3110S.gb/1248042‑1248100 |                                                           gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:2159270/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:219608/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:2289686/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:2440347/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:2615160/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:367132/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:664289/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:831405/59‑1 (MQ=255) gcgcAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGGCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCaa  <  1:2627921/59‑1 (MQ=255) |                                                           GCGCAGGTCGCGGTAAATTTCAGTGGCAGGTCGATTCGGATTGCTTTTGGCGGTGGCAA  >  W3110S.gb/1248042‑1248100

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑