Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	1399616	1399616	1	4 [0]	[0] 11	uspE	stress‑induced protein

TTCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGTT  >  W3110S.gb/1399617‑1399666 |                                                  ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:1080929/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:1652906/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:1841104/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:2132220/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:2171001/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:2500265/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:2617089/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:2948126/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:459628/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:924657/50‑1 (MQ=255) ttCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGtt  <  1:946164/50‑1 (MQ=255) |                                                  TTCATTAATGCCGAATTTCTGCCGCAGGGCTTTCATTGCCAGCAAATGTT  >  W3110S.gb/1399617‑1399666

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑