Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2005454	2005458	5	9 [0]	[0] 7	fliC	flagellar filament structural protein

CAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCG  >  W3110S.gb/2005459‑2005520 |                                                              cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:1405446/62‑1 (MQ=255) cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:2082642/62‑1 (MQ=255) cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:2194870/62‑1 (MQ=255) cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:2213642/62‑1 (MQ=255) cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:2342693/62‑1 (MQ=255) cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:253168/62‑1 (MQ=255) cAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTgcg  <  1:501771/62‑1 (MQ=255) |                                                              CAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCG  >  W3110S.gb/2005459‑2005520

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑