| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 4,412,289 | 0 | C | T | 72.4% | 83.5 / 40.6 | 58 | N318N (AAC→AAT) | rnr | exoribonuclease R, RNase R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/2); new base T (0/42); total (14/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.18e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.49e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATCCCGATGCTG > W3110S.gb/4412229‑4412334 | gATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAAcc < 1:2716348/62‑1 (MQ=255)gATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAAcc < 1:1935180/62‑1 (MQ=255)gATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAAcc < 1:1331037/62‑1 (MQ=255)gATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAAcc < 1:1656655/62‑1 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGt > 1:920477/1‑61 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGt > 1:143401/1‑61 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGt > 1:1527453/1‑61 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:1034722/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:2603047/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:2791310/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:1856439/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:1796998/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:2999015/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:45129/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:530712/1‑62 (MQ=255) gTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTc > 1:1240399/1‑62 (MQ=255) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2804310/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2510240/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2563396/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:976345/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2636980/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2693298/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1019346/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2718331/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:878262/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:303703/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2809787/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:470919/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2918043/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2977347/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:3139820/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:3035567/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:3105687/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:169174/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1090158/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1134282/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1147825/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:125185/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1440173/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1477136/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1518904/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1645942/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1741757/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1829970/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1898009/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1946259/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:240792/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2049676/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2084941/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2078727/44‑2 (MQ=38) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGGAAAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2426146/44‑2 (MQ=25) tgCGTCCGCCAACGCCGCTGCACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:725282/44‑2 (MQ=37) gCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2552624/43‑2 (MQ=38) gCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1301092/43‑2 (MQ=38) gCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:3112873/43‑2 (MQ=38) gCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:1553388/43‑2 (MQ=38) gCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2735556/43‑2 (MQ=38) gCGTCCGCCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAATCGTggt < 1:2829358/43‑2 (MQ=38) gccgcTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATc > 1:1494209/1‑61 (MQ=255) gccgcTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATc > 1:611608/1‑61 (MQ=255) cAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATCCCGAtgctg < 1:2221822/61‑1 (MQ=255) cAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATCCCGAtgctg < 1:2299088/61‑1 (MQ=255) | GATTGCCGACGTCAGCTACTATGTGCGTCCGTCAACGCCGCTGGACAGAGAAGCGCGTAACCGTGGCACGTCGGTGTACTTCCCTTCGCAGGTTATCCCGATGCTG > W3110S.gb/4412229‑4412334 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |