| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 1,916,961 | 0 | T | G | 73.3% | 63.1 / 13.9 | 30 | V96V (GTA→GTC) | proQ | predicted structural transport element |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/0); new base G (22/0); total (30/0) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
ACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGA > W3110S.gb/1916922‑1917007 | acGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTc > 1:1011073/1‑54 (MQ=255)acGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATG‑‑CTACATGTTGCTCGTc > 1:1289059/1‑52 (MQ=255) tttCGCTTCTTCAAGCTTCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCAt > 1:2420010/1‑61 (MQ=255) tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCa > 1:644697/1‑50 (MQ=255) tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATg > 1:828364/1‑62 (MQ=255) tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATg > 1:1514151/1‑62 (MQ=255) tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATg > 1:1918231/1‑62 (MQ=255) tttCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATg > 1:405214/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCTCATGGGTTGcc > 1:1027917/1‑51 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCgc > 1:1738135/1‑61 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:29964/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:990052/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:376023/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:635226/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:638936/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:785243/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:793682/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:851783/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2958770/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2942508/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2755363/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2661586/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2603393/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2559768/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:2300132/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:216793/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:1920469/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:1244166/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:1230275/1‑62 (MQ=255) ctTGCGAGCATGCTCGACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGa > 1:1133499/1‑62 (MQ=255) | ACGCGCTTTCGCTTCTTCAAGCTGCTTGCGAGCATGCTCTACATGTTGCTCGTCCAGCTCACCGCATGGGTTGCCGTCAAGATCGA > W3110S.gb/1916922‑1917007 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |