| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | W3110S.gb | 2,678,759 | 0 | G | A | 73.7% | 55.6 / 22.0 | 38 | G881G (GGC→GGT) | yphG | conserved hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/2); new base A (28/0); total (36/2) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.40e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.40e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
TGCCAGGCGCGTAATAACTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCTGCCTGA > W3110S.gb/2678703‑2678816 | tgcCAGGCGCGTAATAACTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCtt > 1:799478/1‑61 (MQ=255)tgcCAGGCGCGTAATAACTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCtt > 1:2533595/1‑61 (MQ=255)tgcCAGGCGCGTAATAACTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCtt > 1:155374/1‑61 (MQ=255)tgcCAGGCGCGTAATAACTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCtt > 1:1882576/1‑61 (MQ=255) taaCTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCTTCCCACGGGTGGAAtt > 1:1550615/1‑62 (MQ=255) taaCTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCTTCCCACGGGTGGAAtt > 1:1978274/1‑62 (MQ=255) taaCTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCTTCCCACGGGTGGAAtt > 1:1621910/1‑62 (MQ=255) taaCTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCTTCCCACGGGTGGAAt > 1:1832521/1‑61 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCg > 1:1293208/1‑37 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGt > 1:2411760/1‑56 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:336439/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2646688/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2738545/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2803149/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:282223/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2958239/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2215812/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:359146/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:403372/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:595699/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:753645/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:946403/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2378734/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2280459/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1073414/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:2177174/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1762419/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1640736/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1630354/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:157161/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1512089/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1494659/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1318864/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1293849/1‑58 (MQ=255) ttcccCACCTTCCCACGGGTGGAAATTGCGCGTGGCGAGAATg > 1:856982/1‑43 (MQ=37) ttcacCACCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCt > 1:1768376/1‑58 (MQ=255) ccGCCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCTGCCTGa < 1:3033048/60‑1 (MQ=255) ccGCCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCTGCCTGa < 1:1141438/60‑1 (MQ=255) | TGCCAGGCGCGTAATAACTGGTTGAGGATAAACTGACTGGTGACCTTCCCTTCCCCGCCTTCCCACGGGTGGAATTTGCGCGTGGCGAGAATGTCCGCCGCTTTGTCTGCCTGA > W3110S.gb/2678703‑2678816 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |