Predicted mutation
evidence	seq id	position	mutation	annotation	gene	description
RA	W3110S.gb	4,051,160	Δ2 bp	coding (771‑772/846 nt)	ugpE →	glycerol‑3‑phosphate transporter subunit

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	seq id	position		ref	new	freq	score (cons/poly)	reads	annotation	genes	product
*	W3110S.gb	4,051,159	0	C	.	84.2%	107.9 / 22.5	38	coding (770/846 nt)	ugpE	glycerol‑3‑phosphate transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base C (6/0);  new base . (0/32);  total (6/32)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01
*	W3110S.gb	4,051,160	0	G	.	84.2%	103.5 / 20.9	38	coding (771/846 nt)	ugpE	glycerol‑3‑phosphate transporter subunit
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (6/0);  new base . (0/32);  total (6/32)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.62e-07
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01

GAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGC  >  W3110S.gb/4051130‑4051214                              ||                                                       ggaCTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1699207/60‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2576711/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1869086/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1964196/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2197061/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2208488/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2239098/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2333033/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2551162/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1078272/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:2597417/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:450348/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:454317/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:505443/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:906370/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:945587/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:948639/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1759941/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1169905/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1748231/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:172381/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1723177/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1703939/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1702069/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1245073/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1457184/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1347064/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1343610/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1337014/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1279515/62‑1 (MQ=255) gAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1206699/62‑1 (MQ=255)  aaCTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAA‑‑CTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATg                       <  1:1571919/61‑1 (MQ=255)                        tgttAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGc  >  1:1064893/1‑62 (MQ=255)                        tgttAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGc  >  1:865113/1‑62 (MQ=255)                        tgttAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGc  >  1:585585/1‑62 (MQ=255)                        tgttAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGc  >  1:495911/1‑62 (MQ=255)                        tgttAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGc  >  1:1849162/1‑62 (MQ=255)                        tgttAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGc  >  1:1804658/1‑62 (MQ=255)                              ||                                                       GAACTCAGTGATGGTGGCGATGTTGTTAACGCTTATCCCTCCGGTGGTGATTGTTTTAGTGATGCAGCGTGCCTTCGTGCGCGGC  >  W3110S.gb/4051130‑4051214

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑