Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2014493	2014501	9	34 [0]	[0] 3	yedM/intG	conserved hypothetical protein/ECK1934:JW5913:b1936; predicted defective phage integrase

TGACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTAC  >  W3110S.gb/2014431‑2014492                                                              | tgACTTTATTTAATTGACCCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2638519/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACTAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1302926/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:352493/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2721396/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2784732/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2836093/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2850582/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2852930/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:288138/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:310617/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:811822/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:459276/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:551512/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:644737/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:667372/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:777273/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:808433/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1030969/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2708115/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2588908/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2580236/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2230836/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:222916/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:207572/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:195611/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1946105/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1937215/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1930428/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1718923/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1689585/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1541872/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1531311/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:1163988/1‑62 (MQ=255) tgACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTATAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTac  >  1:2291437/1‑62 (MQ=255)                                                              | TGACTTTATTTAATTGAACCGGCTGAGTTTTTAACGAAAGATCATTTAATGGAAACATTTAC  >  W3110S.gb/2014431‑2014492

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑