Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2015765	2015831	67	24 [0]	[0] 20	fliF	flagellar basal‑body MS‑ring and collar protein

TGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTG  >  W3110S.gb/2015704‑2015764                                                             | tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACTGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1488395/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:734183/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1008667/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:696289/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:656051/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:374090/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:336064/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2910227/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2885030/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2844095/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:24889/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2361269/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2168237/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2166303/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2036076/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1941922/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1913066/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:188082/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1734282/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1656893/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1563238/61‑1 (MQ=255) tGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1509608/61‑1 (MQ=255) agATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:1581852/60‑1 (MQ=255)                   tATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTg  <  1:2235842/43‑1 (MQ=255)                                                             | TGATCAGGAAAAGTTTGGTATCAGCCAGTTCAGCGAACAGGTGAATTATCAGCGGGCGCTG  >  W3110S.gb/2015704‑2015764

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑