Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2076103	2076106	4	22 [0]	[0] 5	flu	antigen 43 (Ag43) phase‑variable biofilm formation autotransporter

TATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGAT  >  W3110S.gb/2076064‑2076102                                       | tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAATgat  <  1:564153/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1110828/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:957259/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:943723/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:821012/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:704260/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:620159/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:588090/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:473690/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:396611/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:2682037/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:2120290/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:2078594/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1978087/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1898741/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1835733/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1751962/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1606120/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1501919/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1210703/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGgat  <  1:1044773/39‑1 (MQ=255) tatGGTGCTGCTGGCCATTCTACCGTTGATGTTAAGgat  <  1:2203309/39‑1 (MQ=255)                                       | TATGGTGCTGCTGGCCATTCTTCCGTTGATGTTAAGGAT  >  W3110S.gb/2076064‑2076102

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑