Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2100122	2100141	20	28 [1]	[0] 33	cld	regulator of length of O‑antigen component of lipopolysaccharide chains

CTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCTAATGCAGAGAAGGCAGA  >  W3110S.gb/2100061‑2100138                                                             |                  cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2485493/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:900223/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:771118/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:679887/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:648424/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:572609/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:330133/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:314288/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2647776/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2635146/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2616410/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2571076/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2557561/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2557152/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1145569/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2285321/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2217305/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:216522/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2030281/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:2025883/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1986641/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1611718/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1513757/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1427950/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1407912/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1277495/1‑61 (MQ=255) cTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCt                   >  1:1196162/1‑61 (MQ=255)                 aTGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCTAATGCAGAGAAGGCAGa  >  1:24807/1‑62 (MQ=255)                                                             |                  CTTAACAGAAGGTTCGATGGTAAGTTTTTCTCGTTCTTCCTGATTATCCAGCGTTTCTGCTAATGCAGAGAAGGCAGA  >  W3110S.gb/2100061‑2100138

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑