Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2319272	2319273	2	38 [0]	[0] 24	rcsD	phosphotransfer intermediate protein in two‑component regulatory system with RcsBC

TGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGACAC  >  W3110S.gb/2319211‑2319271                                                             | tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1875763/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1041784/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2617148/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2439724/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:538957/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2392285/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:791169/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2311693/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2702510/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1922768/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:858653/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:47614/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1410179/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1361521/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:436840/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1326389/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1150525/1‑61 (MQ=255) tGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:99334/1‑61 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:362163/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:262663/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:562734/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:847513/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:878167/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:948384/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:956586/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:298376/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2913247/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:277882/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2775619/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2698842/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2416651/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:2367278/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1979809/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1870653/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1746953/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1338785/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:1254143/1‑43 (MQ=255)                   cgcAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGacac  >  1:111679/1‑43 (MQ=255)                                                             | TGGGCGGAGATGAAAATGCGCAACTCCATGCCAGCGGCTATTATGCGCTCTTTGTAGACAC  >  W3110S.gb/2319211‑2319271

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑