Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	2594863	2594873	11	35 [0]	[0] 3	ypfJ	conserved hypothetical protein

TAAGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGCC  >  W3110S.gb/2594800‑2594862                                                               | tAAGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTT‑CAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:461857/62‑1 (MQ=255)  taGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1834856/61‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCTCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:618530/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:593833/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:293913/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:366319/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:382702/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:47224/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:546217/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:562982/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1021684/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:681414/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:784940/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:791212/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:883572/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:904250/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:922094/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:2703303/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:2328613/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:2056360/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:2006753/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1905070/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1115540/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1143916/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1484742/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1469886/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1433216/62‑1 (MQ=255)  aaGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTCGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1840332/62‑1 (MQ=255)   aGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1007453/61‑1 (MQ=255)   aGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:2812057/61‑1 (MQ=255)   aGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1308969/61‑1 (MQ=255)   aGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:599603/61‑1 (MQ=255)   aGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:560390/61‑1 (MQ=255)   aGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTCGACGAACTTTAGGCTCGATGcc  <  1:1498873/61‑1 (MQ=255)    gCGGTTTACTTCCGGCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGcc  <  1:1706080/60‑1 (MQ=255)                                                               | TAAGCGGTTTACTTCCGCCTGCGTCGCGTTTTGTTGCAGTTGACGAACTTTCGGCTCGATGCC  >  W3110S.gb/2594800‑2594862

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑