Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	90037	90053	17	42 [0]	[0] 15	mraZ	conserved hypothetical protein

GTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACG  >  W3110S.gb/89981‑90036                                                        | gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCTACg  >  1:1490100/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:589387/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:260242/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2605294/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2641082/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2820079/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2830866/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2864129/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2915458/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:399224/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:437193/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:553305/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2602046/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:595174/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:626022/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:675872/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:679848/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:809082/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:853976/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:854933/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:857980/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:865125/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:18461/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1060161/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:112251/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1179651/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1377319/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1691642/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1695273/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1703110/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1715578/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1784709/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1015220/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:1918150/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:194663/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:207463/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:22012/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2251500/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2278159/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2281669/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2440627/1‑56 (MQ=255) gTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACg  >  1:2556750/1‑56 (MQ=255)                                                        | GTTTGAGCTGTGGGATGAAACAACCTGGCATCAACAGGTCAAGGAAGATATCGACG  >  W3110S.gb/89981‑90036

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑