Missing coverage evidence...
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CCGCGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGC  >  W3110S.gb/2951003‑2951064                                                              | ccgcGAGTGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1969230/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2348141/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:776209/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:770146/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:754415/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:679453/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:565195/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:530461/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:319914/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2890541/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2647028/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2627435/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2388837/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2353029/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1087284/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2255794/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2250359/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2216357/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2044048/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1911914/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1584524/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1581085/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1563689/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1507453/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAAATGCACATCCAGc  <  1:2267589/62‑1 (MQ=255) ccgcGAGGGTGAAGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:710074/62‑1 (MQ=255)  cgcgAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1875761/61‑1 (MQ=255)  cgcgAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1874593/61‑1 (MQ=255)  cgcgAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:1257431/61‑1 (MQ=255)               gCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGc  <  1:2691777/48‑1 (MQ=255)                                                              | CCGCGAGGGTGACGGCAGGATGTTCATCTCCCGCCACGGTCAGGGCAAATTGCACATCCAGC  >  W3110S.gb/2951003‑2951064

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑