Missing coverage evidence...
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CCGCGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTG  >  W3110S.gb/2999636‑2999697                                                              | ccgcGTGGTTGGTCAGGCTCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGATTCATCAAACCATTTg  >  1:2846101/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAGACCATTTg  >  1:381235/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2740163/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:934840/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:903467/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:884912/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:871264/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:685980/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:63676/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:560249/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:517724/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:492010/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:391704/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:385561/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:322483/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:100822/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2699759/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2375635/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2188429/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2174027/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2157060/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:2084987/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1977224/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:18426/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1815804/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1666512/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1525547/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1474427/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1321251/1‑62 (MQ=255) ccgcGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTg  >  1:1106721/1‑62 (MQ=255)                                                              | CCGCGTGGTTGGTCAGGCGCTGGATATTCCCTGGTCATGCGTACGAGTCATCAAACCATTTG  >  W3110S.gb/2999636‑2999697

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑