Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3076672	3076689	18	48 [0]	[0] 12	cmtA	predicted fused mannitol‑specific enzyme IIBC component of PTS

AAAGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAGG  >  W3110S.gb/3076610‑3076671                                                              | aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATTCAgg  <  1:2456797/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:47560/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1011854/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2460257/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2539822/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2656118/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2668732/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2689194/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2701738/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2753621/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2890976/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:366201/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2425689/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:48053/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:613304/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:662200/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:726319/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:834970/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:856216/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:858970/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:88751/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:910917/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:911473/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2372846/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1075719/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1086053/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1175100/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1197478/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1271045/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1468159/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1741716/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1859479/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:193156/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:199063/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2003087/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2029520/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2174627/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2216746/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2220339/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2220825/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2225215/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:236449/62‑1 (MQ=255) aaaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2414965/62‑1 (MQ=255)  aaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1726180/61‑1 (MQ=255)  aaGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:2574756/61‑1 (MQ=255)             cGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:197121/50‑1 (MQ=255)                 cTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:400414/46‑1 (MQ=255)                 cTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAgg  <  1:1817812/46‑1 (MQ=255)                                                              | AAAGATAGACCCCGGACTTGGGCCAGCCACCAGACCACCGTCCAGTAAGTTAAACATCCAGG  >  W3110S.gb/3076610‑3076671

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑