Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3112645	3112645	1	27 [0]	[0] 36	pppA	bifunctional prepilin leader peptidase and methylase

TCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACTTT  >  W3110S.gb/3112591‑3112644                                                      | tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2138613/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:949937/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:509646/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:421056/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:343780/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2784663/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2584065/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:243920/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2422807/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2380349/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2302331/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2170229/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2161950/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2160055/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1039080/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:2083443/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1819704/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1755680/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1719146/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:157239/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:141240/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1412079/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:129231/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:129015/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1237514/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1140808/54‑1 (MQ=255) tCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACttt  <  1:1131848/54‑1 (MQ=255)                                                      | TCGCGGCAATCAGCCAGGCGGATAATATCATCACCGCCAGCCCCCATCCACTTT  >  W3110S.gb/3112591‑3112644

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑