Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3499326	3499359	34	36 [0]	[0] 3	yijF	conserved hypothetical protein

GCATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAATTT  >  W3110S.gb/3499264‑3499325                                                              | gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:590900/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2191680/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1020620/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2400815/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2408282/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2583539/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2775371/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2839622/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:478626/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2202241/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:670976/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:845981/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:851909/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:859204/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:922892/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:958722/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:971125/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2155431/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1047313/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1062650/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1075637/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1186414/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1270890/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1310238/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1424965/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1568218/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1588276/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1592039/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1927728/62‑1 (MQ=255) gcATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2164693/62‑1 (MQ=255) gcATCGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1093422/62‑1 (MQ=255)   aTTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:1235428/60‑1 (MQ=255)   aTTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:226611/60‑1 (MQ=255)       cgcAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2611457/56‑1 (MQ=255)                      gATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2878559/41‑1 (MQ=255)                         ttGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAAttt  <  1:2059348/38‑1 (MQ=255)                                                              | GCATTGCGCAGCCAGAAGGTCGATTTGCAGAAACTGGTTCACGAAGATATGGCGAAGAATTT  >  W3110S.gb/3499264‑3499325

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑