Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	3834919	3834932	14	20 [0]	[0] 10	rfaP	kinase that phosphorylates core heptose of lipopolysaccharide

TCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCG  >  W3110S.gb/3834858‑3834918                                                             | tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:2457566/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:895786/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:723564/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:575047/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:522092/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:467100/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:46401/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:2867787/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:282275/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:2707751/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1022265/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:2268202/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1805147/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1452507/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1424157/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1229829/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1198564/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1158699/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:1112768/1‑61 (MQ=255) tCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTAAGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCg  >  1:230522/1‑61 (MQ=255)                                                             | TCAACCCGCCTGATATACGTGTTAAGCGTATGCTGATCGCACGTGTAGCAACTATGGTGCG  >  W3110S.gb/3834858‑3834918

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑