Missing coverage evidence...
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CACATTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGCCGCCGCCG  >  W3110S.gb/3994028‑3994089                                                              | cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1120959/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:721718/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:705561/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:632564/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:588713/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:562099/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:32504/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2837325/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2645050/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:251642/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2163752/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2140006/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1915469/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1467719/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1852851/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2054147/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1555535/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1510455/62‑1 (MQ=255) cacaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgcagccg  <  1:115478/62‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGcctccgccg  <  1:2823893/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1737843/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:813408/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:81089/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1065323/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1488566/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:588235/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2662746/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2566123/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2546421/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:1896152/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2257067/61‑1 (MQ=255)  acaTTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGccgccgccg  <  1:2014627/61‑1 (MQ=255)                                                              | CACATTTCTGGCCGTACATAGCCGCGCGGTTGATGGAGGCGATACCGCCGCTGCCGCCGCCG  >  W3110S.gb/3994028‑3994089

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑