Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	4337460	4337489	30	51 [0]	[0] 6	basS	sensory histidine kinase in two‑component regulatory system with BasR

TGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCA  >  W3110S.gb/4337410‑4337459                                                  | tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTTATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1295439/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCGAGCAGTTCCa  >  1:1659857/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2763815/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2138966/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2146529/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:223136/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2260862/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2271983/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2284382/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2357349/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2464615/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2542977/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2609722/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2668405/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2034087/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2837518/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2878700/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2895494/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:348181/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:474687/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:479735/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:659564/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:69366/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:772508/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:818948/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:962560/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1611413/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1069400/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1075740/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1094611/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1253611/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1254909/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1275062/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1296335/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1417089/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1423065/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1458010/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1481451/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2045946/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1614510/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1698582/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1772102/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1781675/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1818434/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1818911/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1862579/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1874174/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1897907/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:2006260/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCa  >  1:1067696/1‑50 (MQ=255) tGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGAAGTTCCa  >  1:2873475/1‑50 (MQ=255)                                                  | TGCCACTAACGGTGCTACATCAATGTGATGCGTTTTCGCCAGCAGTTCCA  >  W3110S.gb/4337410‑4337459

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑