Missing coverage evidence...
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CTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTC  >  W3110S.gb/538850‑538911                                                              | cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:361842/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:11966/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2443736/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:262850/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2643864/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2686733/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2741927/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2795783/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2842007/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2343241/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:368282/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:427902/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:521058/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:549608/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:61640/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:648428/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:720338/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1681770/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1290716/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1392564/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1431316/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1518903/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1544867/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1545338/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1685687/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1742132/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1770562/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2116239/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2295329/62‑1 (MQ=255) cTTCCGTGAGGTAAACGACTTGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1651486/62‑1 (MQ=255)  ttCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:230376/61‑1 (MQ=255)  ttCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1929782/61‑1 (MQ=255)  ttCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:1528793/61‑1 (MQ=255)  ttCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2566551/61‑1 (MQ=255)          tGTAAACGACTGGCAGTTCTTCTAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:2082916/53‑1 (MQ=255)              aaCGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTc  <  1:408783/49‑1 (MQ=255)                                                              | CTTCCGTGATGTAAACGACTGGCAGTTCTTCAAAGGTGCGCAGAAGCTGGGCGAACTGGGTC  >  W3110S.gb/538850‑538911

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑