Missing coverage evidence...
			seq id	start	end	size	←reads	reads→	gene	description
*	*	÷	W3110S.gb	561415	561463	49	29 [0]	[1] 25	sfmD	predicted outer membrane export usher protein

GTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTG  >  W3110S.gb/561354‑561414                                                             | gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2572480/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:969370/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:94708/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:8556/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:712288/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:69200/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:663880/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:602484/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:358259/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2922149/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2694886/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2662602/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2646942/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2577348/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1025496/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2563419/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2256274/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:218750/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2162099/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1995906/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1841672/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1690271/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1672802/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1439212/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1426323/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1359780/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1332482/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:1232293/1‑61 (MQ=255) gtgATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCACCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTg  >  1:2867772/1‑61 (MQ=255)                                                             | GTGATGACGGGCAAGTTTATTTAAGTGGTGCGCCATTGTCTGGTGAATTACTGGTTCAGTG  >  W3110S.gb/561354‑561414

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑