Missing coverage evidence...
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TTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCG  >  W3110S.gb/791535‑791596                                                              | ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2395549/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:709029/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:747974/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:424720/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:360832/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2713336/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:260903/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2539029/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:786545/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2475861/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:86425/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2457899/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2410083/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2178387/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2081001/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1946886/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1696962/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1683516/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1266088/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:873794/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1215740/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1090262/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1077863/62‑1 (MQ=255) ttACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:969138/62‑1 (MQ=255)  tACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2459239/61‑1 (MQ=255)  tACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:671941/61‑1 (MQ=255)  tACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1000827/61‑1 (MQ=255)  tACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1234271/61‑1 (MQ=255)  tACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:1071936/61‑1 (MQ=255)              cagttcaCGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCg  <  1:2532005/49‑1 (MQ=255)                                                              | TTACGCGCCAGTTCAGTTCACGGTCGGCTTTGCTGGCGTCCGCCCAGTAGGCCGGAAGGTCG  >  W3110S.gb/791535‑791596

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑